Osmanlı arşivleri; rutubet, yangın, hırsızlık, düşman istilası, kaybetme, tahrip ve fare yeniği gibi hadiselerde telef olanlar bir yana; beşer eliyle iki büyük felaket yaşamıştır. Birincisi Timur istilası esnasında ateşe verilen Bursa’daki arşivin yanması; ikincisi İttihatçılardan itibaren arşivlerin imhası veya satılmasıdır. Bu sebeple Sultan Fatih devrine kadar Osmanlı tarihiyle alakalı elde fazla vesika yoktur.
Arşivler, bazı kimseleri tarih önünde temize çıkarmak maksadıyla imha edilmiştir. Sultan II. Abdülhamid tahttan indirildikten sonra (27 Nisan 1909) Yıldız Sarayı’ndan 330 sandık hâlinde Harbiye Nezareti’ne getirilen jurnaller başa dert oldu. Amme efkârı ve meclis, bunların neşredilmesini istiyordu. Ama bu çok tehlikeliydi. Bunları tetkik için kurulan heyet, şimdi iktidarda bulunanların, birbirleri aleyhine saraya jurnaller verdiğini gördü. Bunun üzerine hepsinin imhasına karar verildi. Büyük ekseriyeti yakıldı. (Halid Ziya, Saray ve Ötesi)
Mithat Şükrü, Küçük Talat ve Ziya Gökalp, partinin merkezi umumi evrakının Dr. Nazım tarafından alındığını söylemiştir. Esat Uras, mütarekeden evvel bazı vesikaların imha edildiğini anlatmıştır. Posta nazırı Haşim, Harbiye Nezareti’ne ait vesikaların yakıldığını söylemiştir. İttihatçı hükümet düştükten sonra, ondan çok da farklı olmayan İzzet Paşa iktidara gelince, Teşkilatı Mahsusa evrakının imhasını emretmiştir. Bunu teşkilatın reisi Hüsamettin Ertürk anlatır. (Bilge Criss, İşgal Altında İstanbul, s. 147) Refik Halid, mütareke devrinde posta merkezlerindeki bütün muhaberatın yakıldığını anlatır (Minelbab İlelmihrab, 271)
Son erkânı harbiye reisi Hans von Seeckt, Almanya'ya dönerken, Harbiye Nezareti’ne ait hayli vesikayı beraberinde götürdü. Bu evrak Osmanlı hükümeti tarafından istendiyse de, iade edilmedi. (V. N. Dadrian, German Responsibility in the Armenian Genoside)
12 Eylül darbesinden sonra devletin kâğıt ihtiyacını karşılamak ve devlet dairelerinde yer açmak maksadıyla çok sayıda tarihi evrak SEKA’ya gönderildi. Askeri evrak ise zararlı ve zararsız diye ikiye ayrılarak, resmi ideoloji için zararlı görülenler imha edildi. Gazetelerden öğrenildiğine göre, I.Cihan Harbi esnasında Samsun’a götürülen ve sonra iade edilen Trabzon vilayet arşivi, 1982’de yanlışlıkla denize döküldü. Konya vilayet arşivine ait 76 kamyon evrak, 1987’de kâğıt fabrikasına gönderildi. 2000’de arasında Sultan II. Bayezid’in Haremeyn vakfına ait vesikaların da bulunduğu vesikalar, SEKA çöplüğünden vatandaşlarca toplanmıştır.
Ama en çarpıcı olanı 1931 senesinde maliye arşivine ait 30 ila 50 ton tutan 120 balya ve 500 sandık vesikanın, okkası 3 kuruş 10 paraya Bulgaristan’a satılmasıdır. Evrak kamyonlarla Sirkeci garına taşınırken, bazısı Sultanahmed Parkı’nda yola saçılmış; çöpçüler tarafından toplanıp Kumkapı’da denize dökülmüştür.
Fransa’da Templier şövalyelerinin XIV. asırdaki muhakemesinin bütün zabıtları bugün elde ve neşredilmiş olduğu halde, Türk hukuk tarihinin en mühim malzemesi olan adliye evrakı 1933’te Sultanahmed’deki Adliye Nezareti’nin yangınında yok olmuş; kalanları da yer darlığı sebebiyle tamamen imha edilmiştir ve edilmektedir. Bu sebeple 1840’tan bu yana adliye hakkında sağlıklı malumat edinmek neredeyse imkânsızdır.
“Sultanahmed’den geçerken, birçok atlı arabanın peş peşe yığıldığını gördüm. Arabalara hazine binası önünde ot balyası gibi çemberlerle sarılmış evrak yüklüyorlardı. Yüreğim cız etti. Fatih’lerin Kanuni’lerin Osmanlı tarihine ait en değerli yadigârları yerlere saçılmış, ayaklar altında çiğnenmişti. ‘Bunlar nedir?’ diye sordum. ‘Fersude (işe yaramaz) evrak. Sattık’ diye cevap verdi. Ama hiç de fersudeye benzemiyordu. Bunlar değersiz kâğıt parçaları değil, on binlerce kuruş ve lira sarfıyla bile yerlerine konması mümkün olmayan vesikalardı.
Dayanamayıp binadan içeri girdim. Gördüklerim karşısında yüreğim bir defa daha sızladı. Tarihi kıymetine paha biçilemez vesikaları orta yere harman gibi yığmışlardı. İçlerinden rastgele birini seçtim. Bu, (Herat hükümdarı) Hüseyin Baykara’ya ait ceylan derisine işlenmiş bir kitaptı. Hemen bunu alıp İstanbul defterdarı Şefik Bey’e koştum.
Defterdar ve sonra yanına çıktığım İstanbul vali muavini Fazlı Güleç bana satılan evrakın fersude olduğunu söylediler. Elimde değeri milyonu bulan kitabı göstermeme rağmen onları ikna edemedim. Devletin hazinesini satmışsınız. Bu evrakın naklini durdurun. Ben şimdi İsmet Paşa’ya telgraf çekeceğim. Bunları ondan gelecek cevaptan sonra nakledersiniz, dedim. Aldığım cevap şu oldu: Tüccarın eşyasını nasıl durdurabilirim. Onlar satılmıştır. Bu arada balyalanan tarihi evrak durmadan Sirkeci garında vagonlara yükleniyor, bir tarih hazinesi adeta kaçırılıyordu. Hemen gazeteye döndüm. Kalemimle mücadeleye başladım.”
Bir yandan da vaziyeti Muallim Cevdet Bey’e iletti. O da meselenin üzerine giderek, bir rapor hazırladı ve İstanbul milletvekili Halil Edhem Eldem vasıtasıyla İsmet İnönü'ye ulaştı. Sokağa dökülenleri, çocuklar toplamış, isteyenlere üç beş kuruşa satıyorlardı. Muallim Cevdet, bunlardan 20 kuruşa aldığı vesikaların isimlerini de raporuna ekledi. Bütün gazeteler artık meseleden bahsediyordu.
Manisa milletvekili Refik Şevket İnce, maliye vekili hakkında mecliste istizah (soru önergesi) verdi. Maliye vekili Abdülhalik Renda, “Yeni harflerin kabulü münasebetiyle bu evrakın tarihi kıymet taşımayanları yakmayı düşündük. Sonra imha edileceğine, kâğıt fabrikalarına satalım dedik” şeklinde cevapladı.
Ama çabalar semeresini verdi. 10 Mayıs’ta sevkiyat durduruldu. İçlerinde defterdar ve vali muavinin de bulunduğu mesuller hakkında tahkikat açıldı ve lüzumi muhakeme kararı çıktı. Mesuller İzmit’e mahkemeye giderken umumi af çıktı. Hepsi kurtuldu. Ama ondan sonraki parti Bulgaristan’a gönderilmedi. Hâdise, hükümeti arşivlerin ehemmiyeti hususunda uyandırdı. Tarihi Evrak Tedkik Heyeti kuruldu ve reisliğine Muallim Cevdet Bey getirildi. Cevdet Bey sonradan, “Ben hükümetten tokat beklerken, mükâfat gördüm” diyerek hayretini beyan etmiştir.