1997 yılında Hollanda Liberal Partisi'nden (VVD) Utrecht milletvekili seçildi ancak Türkiye'nin Avrupa Birliği üyeliğini desteklediği gerekçesiyle 2004 yılında partisinden istifa ederek kendi yolunda hareket etmeye başladı.
Geert Wilders'ın İslam karşıtlığı üzerine inşa ettiği siyasi kariyerini hızlandıran olaylardan biri de 2004 yılındaki bir cinayet oldu. BBC'ye yakın bir tarihte verdiği röportajda Wilders, 12 senedir yalnız başına bir yere gitmediğini ve El Kaide'nin ölüm listesinde olduğunu açıklamıştı. Wilders İslam'ın kutsal kitabını Kur'an'ı Hitler'in Kavgam kitabına benzeterek tüm dünyadaki Müslümanların büyük tepkisini toplamıştı.